Az utánpótlás átszervezése óta az FC Bayern amatőrjei a junior csapatokhoz tartoznak. "Az U-23-as csapatunk az utánpótlás-rendszerünk csúcsa" - mondja Werner Kern, a junior csapatok vezetője.
A legnagyobb sikerek, eredmények: az amatőr bajnokság második helyezettje (1983, 1987), Reginoalliga-feljutás (1994), a DFB-kupában a nyolcaddöntőig (1994/1995), illetve a negyeddöntőig (1995/1996) való menetelés, a 2003/2004-es szezonban pedig megszerezte a csapat az első bajnoki címét - az amatőrök az elejétől a végéig vezették a "Reginalliga Süd"-öt, s végül megérdemelten állhattak fel a dobogó legfelső fokára.
A 2007/2008-as szezonban nyolcadikként kvalifikálta magát a "kisbayern" az átszerveződő 3. ligába, a 2008/2009-es szezonban pedig a szép eredménynek mondható 5. helyen végeztek a fiatalok. A 2009/2010-es idényben sokáig a kiesés réme fenyegette a gárdát, a tavaszi feltámadásnak köszönhetően viszont a nyolcadik helyen zárták az amatőrök a szezont. Nem úgy a legutóbbi évben, amikor sajnos végig a kiesőzónában tartózkodtak az amatőrök, és végül el is búcsúztak a harmadosztályból.
A keret ennek köszönhetően jelentős átalakításokon ment keresztül, mindekit átadólistára tettek. A csapat irányítását Louis van Gaal korábbi másodedzője, az első csapat Heynckes előtti ideiglenes vezetőedzője, Andries Jonker vette át, aki elsősorban a Bayern sajátnevelésű játékosaira szeretné építeni együttesét.
Az FC Bayern amatőrcsapatának eddigi legnagyobb sikerei:
- Regionalliga-feljutás 1994-ben
- DFB-kupa Nyolcaddöntő 1994/95
- DFB-kupa Negyeddöntő 1996/96
