Stefan Effenberg neve egybeforrt a klub egyik legsikeresebb időszakával. A német középpályás született vezér volt a pályán, hihetetlen módon tudta motiválni, irányítani, vezetni a csapatot a legkritikusabb szituációkban is. Hamar meg is kapta a „Cheffe” (az Effenberg és a Chef keverékéből) becenevet, ő lett a csapatban a „nagyfőnök”.
A Borussia Mönchengladbach csapatától érkezett 1990-ben 22 évesen. Első próbálkozása nem hozott dicsőséget, 2 év után továbbállt. A nagy áttörés 1998-as visszatérésekor következett be. Ottmar Hitzfeld minden hitét a 11-es számú játékosába vetette. Effe a bizalmat hihetetlen alakításokkal és címekkel hálálta meg: német bajnoki cím (1999, 2000, 2001), német kupagyőzelem (2000), és karrierje csúcsát jelentette a BL megnyerése 2001-ben, illetve a Világkupa elhódítása ezt követően.
160 fellépésén 35 gólt szerzett a Bayern színeiben. 35 nemzetközi meccsén pedig 5 gól volt a mérlege.
Hitzfeld soha nem hagyott kétséget, hogy ki a főnök a pályán: „Effenberg vezeti ezt a csapatot, sok játékos életre kel a pályá, ha ő ott van. Ha más menedéket keres, na akkor lép Effenberg elő.” 2002. május 5-én a Hansa Rostock ellen búcsúzott el 63000 felállva tapsoló néző előtt. „Milánó 2001.. .soha nem felejtjük el! Köszönjük Effe!” - állt egy 20 méteres transzparensen.
„Effenberg rendkívüli volt a Bayernnél töltött négy szezonja alatt, ez a rekordbajnok történetének egyik legsikeresebb időszaka, és ebben nagy szerepe volt a főnöknek,” vélekedett Franz Beckenbauer. Hitzfeld csatlakozott az elnökhöz: „Stefan egy nagyszerű játékos, akinek óriási szerepe volt a Bayern sikereiben.”
Utolsó időszakát a Bayernnél már sérülések akadályozták, ami „nagyon sajnálatos,” mondta az akkor csapatkapitánnyá előlépő Kahn. „Hatalmas figura volt a Bayernben az utóbbi években,” nyilatkozta Hoeness menedzser, "és azért, amit elértünk együtt, nagyon hálás vagyok”. És mit mondhatna a főnök? „Négy csodálatos szezonom volt, minden tökéletesen működött A-tól Z-ig.”
